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男性精子畸形率98是可以做试管婴儿，这种情况下更适合进行第二代试管婴儿。
男性如果存在畸形精子是可以进行试管婴儿的，一般情况下，医院会找出质量最好的精子进行试管婴儿培育的相关过程的，即使男性精子畸形率98，也是存在有正常精子的，不合格的精子一般也是不会使用的。
男性如果有长期熬夜、吸烟、酗酒等不良生活习惯，或长期处于高温、有毒物及放射线的环境中工作，或伴有附睾炎、睾丸炎或精囊炎等生殖腺体感染、或伴有精索静脉曲张等因素均有可能会引起男性出现畸形精子症。
但是考虑到试管婴儿的手术费用并不是很低，所以建议患者最好去正规的专业医院找出精子畸形率高的原因，然后进行对症治疗，在进行备孕。如果治疗效果不好，或治疗后仍然没有怀孕，那就要考虑做试管婴儿来助孕了。
一般情况下，改善男性畸形精子症的关键在于首先应该纠正其不良的生活习惯，如熬夜、吸烟等；其次应改善或避免在高温、有毒及放射线暴露等有害的工作环境。除此之外，男性还要加强一些饮食方面的营养支持，例如可以多吃些高蛋白的食物，还有就是保证其睡眠充足。
如果男性精子畸形率98在经过治疗调理后仍然无法自然怀孕，那么就可以考虑做试管婴儿来助孕了。
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